Certificate Transparency（RFC 6962 §2.1、RFC 9162 §2.1）は、ほとんどの透明性ログが使うハッシュの計算方法を定めています。リーフは SHA-256(0x00 ‖ data)、ノードは SHA-256(0x01 ‖ left ‖ right) で、このプレフィックスにより、リーフを内部ノードと偽ることができなくなります。1,000,000 件のエントリから 1 件を示す包含証明には、約 20 個のハッシュが必要です。一貫性証明は、新しいツリーが履歴を書き換えずに古いツリーを拡張していることを示します。
この構造は、CT ログ、Sigstore の Rekor、Go のチェックサムデータベース（sum.golang.org）、Bitcoin のトランザクションルート（構成の異なる二重 SHA-256 を使い、重複リーフに関する既知の癖があります）、Git と大半のコンテンツアドレス型ストレージ、そしてハッシュベース署名の XMSS、LMS、SLH-DSA の基盤になっています。
透明性ログは署名付きツリーヘッド（チェックポイント）を公開し、ウィットネスがそれに連署します。そのため、クライアントごとに異なる履歴を見せるログを検出できます。