Certificate Transparency (RFC 6962 §2.1, RFC 9162 §2.1) define el cálculo de hashes que usan la mayoría de los registros de transparencia: las hojas son SHA-256(0x00 ‖ data) y los nodos SHA-256(0x01 ‖ left ‖ right); los prefijos impiden hacer pasar una hoja por un nodo interno. Una prueba de inclusión de una entrada entre un millón necesita unos 20 hashes; una prueba de coherencia demuestra que un árbol más reciente amplía uno anterior sin reescribir la historia.
La estructura sustenta los registros CT, Rekor de Sigstore, la base de datos de sumas de comprobación de Go (sum.golang.org), la raíz de transacciones de Bitcoin (con una construcción distinta, de doble SHA-256, y una peculiaridad conocida con las hojas duplicadas), Git y la mayor parte del almacenamiento direccionado por contenido, así como las firmas basadas en hash XMSS, LMS y SLH-DSA.
Los registros de transparencia publican cabeceras de árbol firmadas (checkpoints) que los testigos cofirman, de modo que se puede descubrir un registro que muestra historias distintas a clientes distintos.