Certificate Transparency (RFC 6962 §2.1, RFC 9162 §2.1) définit le hachage qu’emploient la plupart des journaux de transparence : les feuilles valent SHA-256(0x00 ‖ data) et les nœuds SHA-256(0x01 ‖ left ‖ right), les préfixes empêchant de faire passer une feuille pour un nœud interne. Une preuve d’inclusion pour une entrée parmi un million nécessite environ 20 condensats ; une preuve de cohérence montre qu’un arbre plus récent prolonge un arbre plus ancien sans réécrire l’historique.
Cette structure sous-tend les journaux CT, Rekor de Sigstore, la base de sommes de contrôle de Go (sum.golang.org), la racine des transactions de Bitcoin (avec une construction différente, en double SHA-256, et une bizarrerie connue liée aux feuilles dupliquées), Git et la plupart des stockages adressés par contenu, ainsi que les signatures fondées sur le hachage XMSS, LMS et SLH-DSA.
Les journaux de transparence publient des têtes d’arbre signées (checkpoints) que des témoins cosignent, de sorte qu’un journal qui montre des historiques différents à des clients différents peut être démasqué.