Certificate Transparency (RFC 6962 §2.1, RFC 9162 §2.1) legt das Hashing fest, das die meisten Transparenzlogs verwenden: Blätter sind SHA-256(0x00 ‖ data) und Knoten SHA-256(0x01 ‖ left ‖ right); die Präfixe verhindern, dass ein Blatt als innerer Knoten ausgegeben wird. Ein Inclusion-Proof für einen Eintrag unter einer Million braucht etwa 20 Hashes; ein Consistency-Proof zeigt, dass ein neuerer Baum einen älteren erweitert, ohne die Historie umzuschreiben.
Auf dieser Struktur beruhen CT-Logs, Rekor von Sigstore, die Prüfsummendatenbank von Go (sum.golang.org), die Transaktionswurzel von Bitcoin (mit einer anderen Konstruktion aus doppeltem SHA-256 und einer bekannten Eigenheit bei duplizierten Blättern), Git und die meisten inhaltsadressierten Speicher sowie die hashbasierten Signaturen XMSS, LMS und SLH-DSA.
Transparenzlogs veröffentlichen signierte Tree Heads (Checkpoints), die Zeugen (Witnesses) mitsignieren; so fällt ein Log auf, das verschiedenen Clients unterschiedliche Historien zeigt.