O Certificate Transparency (RFC 6962 §2.1, RFC 9162 §2.1) define o cálculo de hash usado pela maioria dos logs de transparência: as folhas são SHA-256(0x00 ‖ data) e os nós, SHA-256(0x01 ‖ left ‖ right); os prefixos impedem que uma folha se passe por um nó interno. Uma prova de inclusão para uma entrada entre um milhão precisa de cerca de 20 hashes; uma prova de consistência mostra que uma árvore mais nova estende uma mais antiga sem reescrever o histórico.
A estrutura está na base dos logs CT, do Rekor do Sigstore, do banco de dados de checksums do Go (sum.golang.org), da raiz de transações do Bitcoin (com outra construção, de SHA-256 duplo, e uma peculiaridade conhecida com folhas duplicadas), do Git e da maioria dos armazenamentos endereçados por conteúdo, além das assinaturas baseadas em hash XMSS, LMS e SLH-DSA.
Os logs de transparência publicam o estado assinado da árvore (signed tree heads, ou checkpoints), que testemunhas (witnesses) coassinam; assim, um log que mostre históricos diferentes a clientes diferentes pode ser flagrado.