As assinaturas pós-quânticas deixam pesadas as cadeias clássicas: com ML-DSA-44, as chaves públicas e as assinaturas de um certificado folha e de um certificado intermediário, dois SCTs e a assinatura do handshake somam cerca de 14,7 KB, contra algumas centenas de bytes com ECDSA. No modelo MTC (Internet-Draft draft-ietf-plants-merkle-tree-certs), a CA acrescenta cada certificado ao seu próprio log de transparência e, periodicamente, designa subárvores de referência (landmarks), cujos hashes são distribuídos aos navegadores com antecedência. O servidor então apresenta um certificado com uma prova de inclusão de algumas centenas de bytes e nenhuma assinatura; os clientes que não têm os landmarks atuais recorrem a uma forma autônoma e coassinada.
O Google anunciou em fevereiro de 2026 que o Chrome pretende usar MTCs, junto com experimentos da Cloudflare, como seu caminho para a autenticação HTTPS resistente à computação quântica, e que não planeja adicionar certificados X.509 pós-quânticos ao atual Chrome Root Store. O Chrome Root Program publica uma política separada, ainda em rascunho, para um programa de raízes resistente à computação quântica baseado em MTCs.
Tudo isso ainda está em evolução: o rascunho muda de uma versão para outra, e o suporte em software de servidores e de CAs é experimental. O X.509 clássico com algoritmos pós-quânticos (RFC 9881) continua sendo a opção para PKIs privadas.