证书透明度（RFC 6962 §2.1、RFC 9162 §2.1）定义了大多数透明日志所用的哈希方式：叶子为 SHA-256(0x00 ‖ data)，节点为 SHA-256(0x01 ‖ left ‖ right)，这些前缀可以防止把叶子冒充为内部节点。对于一百万个条目中的某一条，包含证明大约需要 20 个哈希；一致性证明则表明较新的树是在较旧的树基础上扩展而来，没有改写历史。
CT 日志、Sigstore 的 Rekor、Go 的校验和数据库（sum.golang.org）、比特币的交易根（采用另一种双重 SHA-256 构造，并有一个已知的“重复叶子”问题）、Git 和大多数内容寻址存储，以及基于哈希的签名 XMSS、LMS 和 SLH-DSA，都以这种结构为基础。
透明日志会发布经过签名的树头（检查点，checkpoint），由见证者（witness）共同签名；这样，如果某个日志向不同的客户端展示不同的历史，就会被发现。