実装要件（§3.1）からは多くのことが読み取れます。必須（Required）とされている JWS アルゴリズムは HS256 だけで、RS256 は推奨（Recommended）、ES256 は Recommended+（将来は必須になる見込み）です。PS256、ES 系と RS 系のその他のバリエーション、none は任意（Optional）です。主なルールとして、HMAC の鍵はハッシュの出力以上の長さでなければならず（§3.2）、ECDSA 署名は生の r‖s 形式で（§3.4）、RSA 鍵は 2048 ビット以上でなければなりません（§3.3）。また、ES512 は P-521 を使います。
JWE 向けには、鍵管理（RSA1_5、RSA-OAEP、RSA-OAEP-256、A128KW〜A256KW、dir、ECDH-ES と ECDH-ES+AxxxKW、AxxxGCMKW、PBES2-HS256+A128KW など）とコンテンツ暗号化（A128CBC-HS256、A192CBC-HS384、A256CBC-HS512、A128GCM、A192GCM、A256GCM）を定義しています。新しいアルゴリズムは IANA レジストリに登録されます。ES256K（RFC 8812）、Ed25519 と Ed448（RFC 9864）のほか、ドラフトの段階では ML-DSA もあります。