v2 は、署名ブロック自体（ブロック ID 0x7109871a）を除く APK の内容全体に署名するため、どのような改変も検出でき、検証も v1 のエントリーごとの JAR チェックより高速です。v3（ブロック ID 0xf05368c0）は、ローテーションを証明する系統（proof-of-rotation lineage）を追加し、アプリが新しい署名鍵に移行できるようにします。v3.1 では、ローテーションを新しいプラットフォームバージョンだけに適用できます。v4 は、ADB の増分インストール用にマークルツリー署名を別の .idsig ファイルに格納し、v2 または v3 の署名も必要とします。
apksigner sign と apksigner verify --print-certs はすべてのスキームに対応しています。Google Play アプリ署名では、アプリ署名鍵を Google 側で保管し、開発者は別のアップロード鍵でアップロードします。アップデートは同じ鍵か、ローテーション後の後継鍵で署名しなければならず、そうでなければインストールに失敗します。APK 署名インスペクターは、スキーム、署名者、系統を一覧表示します。