v2 подписывает всё содержимое APK, кроме самого блока подписи (идентификатор блока 0x7109871a), поэтому любое изменение обнаруживается, а проверка идёт быстрее, чем проверка каждой записи JAR в v1. v3 (идентификатор блока 0xf05368c0) добавляет цепочку подтверждений ротации (proof-of-rotation lineage), чтобы приложение могло перейти на новый ключ подписи; v3.1 позволяет применять ротацию только к более новым версиям платформы. v4 хранит подпись на основе дерева Меркла в отдельном файле .idsig для инкрементальной установки через ADB и требует также подписи v2 или v3.
apksigner sign и apksigner verify --print-certs работают со всеми схемами; Google Play App Signing хранит ключ подписи приложения на стороне Google, а разработчики загружают сборки с отдельным ключом загрузки (upload key). Обновления должны быть подписаны тем же ключом или его преемником после ротации, иначе установка не удастся. Инспектор подписей APK показывает схемы, подписантов и цепочку ротации.