v2 对签名分块本身（分块 ID 0x7109871a）以外的全部 APK 内容签名，因此任何修改都会被检测到，验证也比 v1 逐条目检查 JAR 更快。v3（分块 ID 0xf05368c0）增加了轮换证明谱系，使应用可以迁移到新的签名密钥；v3.1 允许轮换只对较新的平台版本生效。v4 把 Merkle 树签名存放在单独的 .idsig 文件中，用于 ADB 增量安装，同时还要求有 v2 或 v3 签名。
apksigner sign 和 apksigner verify --print-certs 支持所有方案；Google Play 应用签名把应用签名密钥保存在 Google 一侧，开发者则使用单独的上传密钥上传应用。更新必须由同一密钥或经过轮换的后继密钥签名，否则安装会失败。APK 签名查看器会列出方案、签名者和谱系。