v2 signiert den gesamten Inhalt des APK außer dem Signaturblock selbst (Block-ID 0x7109871a); so wird jede Änderung erkannt, und die Prüfung ist schneller als die JAR-Prüfungen von v1 für jeden einzelnen Eintrag. v3 (Block-ID 0xf05368c0) ergänzt eine Rotationskette (Proof-of-Rotation-Lineage), damit eine App zu einem neuen Signaturschlüssel wechseln kann; mit v3.1 lässt sich die Rotation auf neuere Plattformversionen beschränken. v4 speichert eine Merkle-Baum-Signatur in einer separaten Datei .idsig für inkrementelle Installationen per ADB und setzt zusätzlich eine v2- oder v3-Signatur voraus.
apksigner sign und apksigner verify --print-certs beherrschen alle Verfahren; bei Google Play App Signing bleibt der App-Signaturschlüssel bei Google, hochgeladen wird mit einem separaten Upload-Schlüssel. Updates müssen mit demselben Schlüssel oder einem rotierten Nachfolger signiert sein, sonst schlägt die Installation fehl. Der APK-Signaturinspektor listet Verfahren, Signierer und Rotationskette auf.