XML-DSig は Reference の URI が指すもの（通常は特定の ID を持つ要素）を検証します。一方、アプリケーションは多くの場合、別のルール（たとえば最初の Assertion 子要素）で「アサーション」を特定します。攻撃者は本物の署名済みアサーションを拡張要素の中や別の位置に包み込み、アプリケーションが参照する位置に署名のないアサーションを追加します。2012年に Somorovsky らは、テストした SAML フレームワークの大半が脆弱であることを示し、その後も亜種が見つかり続けています。
対策は、検証されたノードそのものだけを処理すること（検証者にそのノードを返させる）、厳格なスキーマ検証で ID の重複や想定外の構造を持つドキュメントを拒否すること、署名がレスポンス全体またはアサーション全体を対象とするよう求めること、保守されている SAML ライブラリを使うことです。JSON ベースの形式では署名が固定されたバイト列を対象とするため、この種の攻撃は起こりませんが、別の落とし穴があります。