主なプログラムは、Mozilla（NSS の certdata.txt。ほとんどの Linux ディストリビューション、Python の certifi、多くのコンテナイメージで再利用されています）、Apple、Microsoft、そして Chrome Root Store です。Chrome はバージョン 105（2022年）以降、ほとんどのプラットフォームで、プラットフォームのルートストアの代わりに Chrome Root Store を使っています。Java は独自の cacerts を同梱し、Node.js は Mozilla のリストを同梱しています（--use-system-ca でシステムのストアも使えます）。Go はプラットフォームのストアを使います。
ルートプログラムは、CA/Browser Forum の要件を超える要件を定めています。Certificate Transparency のポリシー、ルートの信頼期間の上限、単一用途の専用階層、インシデントの報告、そして CA を信頼の対象から外す権限です。信頼の取り消しは、基準日より後に発行された証明書だけが対象になる場合もあります。CCADB は、CA が自らの階層を開示する共有データベースです。
実務上は次のような影響があります。古いイメージからビルドしたコンテナには新しいルートが含まれていないことがあり、企業の TLS インターセプトはストアにプライベートなルートを追加することで機能し、同じ証明書があるクライアントでは信頼され、別のクライアントでは拒否されることがあります。