O Apêndice C do FIPS 203 lista as mudanças que alteram o comportamento de entrada e saída: o segredo compartilhado tem tamanho fixo de 256 bits; a variante de Fujisaki–Okamoto não inclui mais o texto cifrado no hash do segredo compartilhado; o encapsulamento não calcula mais o hash da sua aleatoriedade inicial; foram acrescentadas verificações explícitas de entrada; e, depois do rascunho de 2023, a geração de chaves ganhou separação de domínio, para que uma semente não possa ser reutilizada entre níveis de segurança.
Por causa dessas mudanças, o Kyber e o ML-KEM produzem segredos diferentes a partir das mesmas entradas. No TLS, o grupo pré-padrão X25519Kyber768Draft00 (0x6399) foi substituído pelo X25519MLKEM768 (0x11EC); o Chrome fez a troca na versão 131 (novembro de 2024). Bibliotecas e arquivos de configuração que ainda dizem “Kyber” podem se referir a qualquer um dos dois; por isso, confira o codepoint ou os nomes dos parâmetros.