El apéndice C de FIPS 203 enumera los cambios que alteran el comportamiento de entrada y salida: el secreto compartido queda fijado en 256 bits; la variante de Fujisaki–Okamoto ya no incorpora el hash del texto cifrado al secreto compartido; la encapsulación ya no calcula el hash de su aleatoriedad inicial; se añadieron comprobaciones explícitas de las entradas, y, después del borrador de 2023, se añadió separación de dominio a la generación de claves para que una semilla no pueda reutilizarse entre niveles de seguridad.
Por estos cambios, Kyber y ML-KEM producen secretos distintos a partir de las mismas entradas. En TLS, el grupo previo al estándar X25519Kyber768Draft00 (0x6399) se sustituyó por X25519MLKEM768 (0x11EC); Chrome hizo el cambio en la versión 131 (noviembre de 2024). Las bibliotecas y los archivos de configuración que todavía dicen «Kyber» pueden referirse a cualquiera de los dos, así que comprueba el codepoint o los nombres de los parámetros.