各个生态系统计算哈希的对象各不相同。OpenSSH 显示 SHA256: 加上密钥 blob 的 SHA-256 的无填充 base64 编码（自 OpenSSH 6.8 起为默认格式；旧版工具输出以冒号分隔的 MD5）。X.509 指纹是整个 DER 证书的哈希，而不是证书中的字段，因此每次续期都会改变。SPKI 指纹（HPKP 固定值、pin-sha256、证书透明度查询）只对 SubjectPublicKeyInfo 计算哈希，用同一密钥续期后保持不变。JWK 指纹（RFC 7638）对必需成员组成的规范化 JSON 计算哈希。OpenPGP v4 指纹是 SHA-1（40 个十六进制数字），v6 指纹是 SHA-256（RFC 9580）。
只有用同一算法对同一编码计算哈希，两个指纹才会相同：SSH 的 SHA256 指纹与 .pub 文件的 sha256sum 不同，同一密钥的证书指纹与 SPKI 固定值也不同。要比较完整的值：攻击者可以通过穷举生成密钥，使其简短前缀或“密钥图案”（key art）与目标相同。