Cada ecosistema calcula el hash de algo distinto. OpenSSH muestra SHA256: seguido del base64 sin relleno del SHA-256 del blob de la clave (el valor predeterminado desde OpenSSH 6.8; las herramientas más antiguas imprimen MD5 separado por dos puntos). Una huella digital X.509 es un hash del certificado DER completo y no un campo dentro de él, así que cambia en cada renovación. Una huella SPKI (pines HPKP, pin-sha256, búsquedas en Certificate Transparency) calcula el hash solo de SubjectPublicKeyInfo y se mantiene tras una renovación con la misma clave. Los thumbprints de JWK (RFC 7638) son el hash de un JSON canónico con los miembros obligatorios. Las huellas OpenPGP v4 son SHA-1 (40 dígitos hexadecimales) y las v6 son SHA-256 (RFC 9580).
Dos huellas digitales solo coinciden si el mismo algoritmo calculó el hash de la misma codificación: una huella SHA256 de SSH y un sha256sum del archivo .pub son distintos, igual que la huella digital de un certificado y un pin SPKI de la misma clave. Compara los valores completos: un atacante puede encontrar por fuerza bruta claves con el mismo prefijo corto o el mismo «key art».