Eine Verbindung durchläuft zuerst die Transportschicht (Schlüsselaustausch, Signatur mit dem Hostschlüssel des Servers, Verschlüsselung), dann die Benutzerauthentifizierung, dann gemultiplexte Kanäle. Die Namen der Schlüsselaustauschverfahren beschreiben das eingesetzte Hybridverfahren, etwa mlkem768x25519-sha256 (Standard in OpenSSH seit 10.0), sntrup761x25519-sha512 oder curve25519-sha256; als Verschlüsselungsverfahren dienen AEADs wie chacha20-poly1305@openssh.com und aes256-gcm@openssh.com.
Schlüsseltypen: ssh-ed25519, ecdsa-sha2-nistp256, rsa-sha2-256 und rsa-sha2-512 (RSA-Schlüssel, die mit SHA-2 signieren; die SHA-1-Signatur ssh-rsa ist seit OpenSSH 8.8 standardmäßig deaktiviert), FIDO-gestützte sk-ssh-ed25519@openssh.com und sk-ecdsa-sha2-nistp256@openssh.com sowie Zertifikate. DSA wurde in OpenSSH 10.0 entfernt. OpenSSH 10.4 (Juli 2026) hat eine experimentelle Composite-Signatur aus ML-DSA-44 und Ed25519 eingeführt, die standardmäßig deaktiviert ist.
Standardmäßig gilt Vertrauen beim ersten Kontakt (Trust on First Use): Der Client speichert den Hostschlüssel bei der ersten Verbindung in known_hosts und warnt unübersehbar, wenn sich der Schlüssel ändert. In größeren Serverflotten ersetzen SSH-Zertifikate oder SSHFP-Einträge im DNS diesen Vertrauensvorschuss. Das SSH-Server-Audit prüft, welche Algorithmen ein Server anbietet.