Соединение начинается с транспортного уровня (обмен ключами, подпись ключом хоста сервера, шифрование), затем идёт аутентификация пользователя, затем мультиплексированные каналы. Имена методов обмена ключами описывают используемую комбинацию алгоритмов, например mlkem768x25519-sha256 (метод по умолчанию в OpenSSH начиная с 10.0), sntrup761x25519-sha512 или curve25519-sha256; шифры — AEAD, например chacha20-poly1305@openssh.com и aes256-gcm@openssh.com.
Типы ключей: ssh-ed25519, ecdsa-sha2-nistp256, rsa-sha2-256 и rsa-sha2-512 (ключи RSA с подписью на SHA-2; подпись ssh-rsa на SHA-1 отключена по умолчанию начиная с OpenSSH 8.8), ключи на базе FIDO sk-ssh-ed25519@openssh.com и sk-ecdsa-sha2-nistp256@openssh.com, а также сертификаты. DSA удалён в OpenSSH 10.0. В OpenSSH 10.4 (июль 2026 года) появилась экспериментальная составная подпись ML-DSA-44 плюс Ed25519, по умолчанию отключённая.
По умолчанию доверие устанавливается при первом подключении: клиент записывает ключ хоста в known_hosts и выдаёт заметное предупреждение, если ключ изменится. В крупных парках серверов SSH-сертификаты или DNS-записи SSHFP заменяют это доверие вслепую. Аудит SSH-сервера проверяет, какие алгоритмы сервер предлагает.