WebAuthn 是网站在浏览器中调用的接口；CTAP 则规定浏览器或操作系统如何通过 USB、NFC 或蓝牙与外部认证器通信，或者通过混合传输与手机通信。平台认证器（Windows Hello、Touch ID、Android）通过操作系统 API 调用，无需经由 CTAP 传输消息。
CTAP 2.2 于2025年7月发布，CTAP 2.3 于2026年2月成为拟议标准；目前的 FIDO2 认证以 CTAP 2.3 为准。CTAP1 即较早的 U2F 协议，FIDO2 安全密钥仍支持它以保持向后兼容。服务端开发者很少直接接触 CTAP：他们实现 WebAuthn 依赖方验证，并以同样的方式对待所有认证器。