Los servidores suelen tener una clave de host por algoritmo (/etc/ssh/ssh_host_ed25519_key, …_ecdsa_key, …_rsa_key), y el orden de HostKeyAlgorithms del cliente decide cuál se usa. En el primer contacto, OpenSSH muestra la huella digital SHA-256 y pregunta si debe confiar en ella; a partir de entonces, un cambio produce WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! y la conexión se detiene (con StrictHostKeyChecking en su valor predeterminado).
Rotación de claves de host sin romper los clientes: UpdateHostKeys de OpenSSH (activado de forma predeterminada en los clientes recientes) permite que un servidor anuncie todas sus claves de host después de la autenticación, para que los clientes aprendan las nuevas antes de que se retire la antigua. Las flotas de servidores evitan por completo la confianza en el primer uso con certificados de host (@cert-authority en known_hosts) o con registros SSHFP firmados con DNSSEC (RFC 4255).
Las imágenes maestras (golden images) que incluyen las claves de host dan a cada servidor clonado la misma identidad; regenera las claves en el primer arranque. HashKnownHosts guarda los nombres de host como hashes, de modo que un archivo known_hosts robado no revela la lista de tus servidores.