Un servidor TLS debe enviar primero su certificado hoja, seguido de los intermedios (el RFC 9846 §4.5.1 permite que el resto de los certificados lleguen en cualquier orden, pero los clientes antiguos cuentan con que cada certificado vaya seguido de su emisor). La raíz normalmente se omite porque el cliente ya la tiene. Un intermedio que falta es el clásico error de «funciona en mi navegador, falla en curl»: los navegadores pueden obtenerlo a través de la URL caIssuers de la extensión AIA o reutilizar intermedios en caché, mientras que OpenSSL, Go, Java y la mayoría de los clientes de API no lo hacen.
Los clientes construyen una ruta, no se limitan a leer la lista: con intermedios con firma cruzada pueden existir varias rutas válidas, y el verificador elige una que termine en una raíz en la que confía. Así es como Let's Encrypt mantuvo en funcionamiento los dispositivos Android antiguos mediante la firma cruzada de la CA raíz DST Root CA X3 hasta 2024, y por eso el orden dentro del archivo importa menos que el hecho de que estén presentes todos los certificados necesarios.
Los bundles PEM (fullchain.pem) contienen el certificado hoja y los intermedios; los archivos PKCS #12 también pueden incluirlos. El constructor de cadenas reordena y completa una cadena, y el divisor de bundles PEM separa un bundle en sus certificados.